Kompetence v oboru vodárenství a potažmo i systém regulace jsou v současné době rozděleny mezi několik ministerstev a jim podřízených státních institucí.
V ČR je obor vodárenství dosud regulován systémem státních institucí a ministerstev. Významnou roli hrají především Ministerstvo zemědělství, dále pak Ministerstvo životního prostředí, Ministerstvo zdravotnictví a také Ministerstvo financí. Kromě toho část regulace je v gesci Státního úřadu pro jadernou bezpečnost, který je podřízen přímo vládě.
Provoz vodovodů a kanalizací
Ministerstvo zemědělství disponuje asi největší částí kompetencí. Je koordinátorem činností popsaných v zákoně o vodovodech a kanalizacích. Pod ministerstvo zemědělství spadají kompetence týkajících se povrchové vody, vlastního provozu vodárenských systémů (vodovodů i kanalizací), tedy využívání vodních zdrojů, výroby a distribuce pitné vody veřejnými vodovody, stejně tak jako odvádění odpadních vod a jejich likvidace.
Dozor nad dodržováním vodního zákona a zákona o vodovodech a kanalizacích zajišťují vodoprávní úřady, přičemž ústředním vodoprávním úřadem je Ministerstvo zemědělství.
Ochrana vodních zdrojů
Ministerstvo životního prostředí je ústředním orgánem státní správy v oblasti ochrany přirozené akumulace vod, ochrany vodních zdrojů a ochrany jakosti podzemních a povrchových vod.
Státní správu podle zákona o vodách vykonávají vodoprávní úřady a Česká inspekce životního prostředí.
Zdravotní nezávadnost pitné vody
Dohled nad zdravotní nezávadností pitné vody dodávané z veřejných vodovodů spotřebitelů je svěřen do péče Ministerstvu zdravotnictví prostřednictvím Krajských hygienických stanic - stejně tak jako např. kvalita koupacích vod.
Zajištění odpovídající jakosti pitné vody u spotřebitele je regulováno zákonem o ochraně veřejného zdraví a prováděcích vyhlášek, a to jednak ohledně kvality samotné vody a také ohledně materiálů přicházejících do styku s vodou při její výrobě a distribuci.
Zvlášť jsou dány požadavky na radiologickou kvalitu pitné vody a její kontrolu atomovým zákonem a jeho prováděcí vyhláškou, což je v gesci Státního úřadu pro jadernou bezpečnost.
Vodné a stočné
Regulace vodného a stočného je v kompetenci Ministerstva financí.